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普通NIPT也能灵敏预测子痫妊娠糖尿病

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非侵入性产前筛查(Noninvasiveprenataltest,NIPT)的方法、形式很多,现在比较常用的是分离获取孕妇外周血中游离的胎儿DNA进行计数,看看哪条染色体多了还是少了,用来筛查21三体之类的疾病。

为了省事儿,现有NIPT技术一般都采用全基因组随机测序的方法进行分析,由于没有针对性,整个基因组随机乱抓,所以实际落到某个染色体片段上的检测信息非常少,只能用于21/18/13这些整条染色体数目异常的检测;其他染色体上的游离DNA片段抓得也不少,但因为其他染色体更长(或者波动更大),相对比例还是不够,就不准了。(NIPT普通版)

如果增加随机乱测的抽样数目,提高测序次数,落在某些特定染色体片段里面的测序机会就会增加,于是检测精度就会提高,可以用于一些大片段的染色体缺失/重复综合征的检测。(NIPTplus,图片来自于梁老师和邬老师的文章)

如果再进一步增加随机乱测的次数,直到染色体上的小片段DNA区域也能有足够的测序次数,逻辑上来讲NIPT的检测分辨率就会变的更高,染色体上小片段的微缺失/微重复也能检测,吗?逻辑上有可能的,不过很少人真干过。(NIPT++到这份上随机测序太浪费、成本太高,不可能做的;市面上假的不少,真的一个都没见过)

那如果持续不断地增加、增加、再增加测序次数,分辨率就能持续地升高、升高、再升高,然后就可以检测到DNA上每一个碱基的变化了呢?答案是“是也不是”。按照量子物理的逻辑,当物体的维度足够小的时候,就变成了叠加态,NIPT也是这样(我瞎引用的量子NIPT,单纯因为觉得应景)。

Why?这就是今天要说的NIPT3.0的内容

NIPT用来自胎儿的DNA检测胎儿的染色体异常,这个属于NIPT1.0技术,增加测序数据量,检测更多疾病的NIPTplus,或者针对性检测某些疾病的panalNIPT,都属于NIPT1.0技术的延伸,只是测序数据量的差异,没有质的变化,可以定义是1.1、1.2之类的。

NIPT2.0理论的核心是NIPT的来源DNA是胎盘,不是胎儿;NIPT不能全面代表胎儿疾病,但是可以用NIPT鉴定胎盘染色体异常、CPM(限制性胎盘嵌合),用以预测胎盘染色体异常引起的产科疾病,早发现、早诊断、早治疗、监测变化。2.0理论解释了NIPT用于遗传病检测的错漏和不足,同时为NIPT的广泛、拓展使用提供了基础。(1.0版本的NIPT仅能用于唐筛临界风险;plus和2.0适合所有人普筛、产科疾病高风险人群追踪反复筛)

NIPT3.0理论的核心则是位于孕妇外周血中的、胎盘来源的DNA,是可能完整、也可能不完整的。这个不完整状态一方面妨碍了高深度、高精度的NIPT检测;但同时也给出了胎盘功能的秘密,给产科疾病的诊疗开了一扇大门。

机制研究贼枯燥,换个画风简单讲讲吧。年纪大一点的人应该都见过录音机的磁带吧?磁带很长,一圈圈卷起来盘成一大卷;需要放音乐的时候,使用录音机把磁带卷到有特定音乐的那个位置,然后展开,让录音机的磁头读取磁带里面的信息,就可以放音乐了。

人类基因组和录音机的运行模式非常相似,放多一张我当年的最爱。

DNA骨架就是磁带,基因就是磁带上的磁粉,里面保存了歌曲(蛋白质)信息,细胞就是录音机。平常DNA盘成卷,上面好多好多个基因全卷在里面,哪个基因要用了,就把这个基因位置的卷打开,然后转录蛋白啥的(录音机磁头)靠上去就开始读码,合成蛋白质。当然人类细胞中DNA可以好多个位置同时展开进行转录,相当于好多个录音机磁头同时工作,这点就比磁带高级了。(没见过磁带的可以想象一下毛线团、口袋里放久了的耳机线,差不多)

重点来了,当这些DNA游离到血中去的时候,血液里面有很多打扫垃圾的工人,会把游离DNA给清除掉。这时,那些卷在一起的DNA清除起来比较慢,毕竟卷在里面的DNA分子剪刀够不着;但是暴露在外面的那些DNA就没这么好运了,首当其冲地就被咔嚓、咔嚓掉了。(实际情况是DNA都缠绕在核小体上,有核的DNA不容易降解;经常用的DNA片段从核小体上解散出来,容易被降解,有点相当于磁带经常听的部分容易磨损,久了听不清吧。)

这个故事告诉我们,内卷也是不错的,安心躺平做条内卷的咸鱼更加长命百岁。

绕回NIPT,因为胎盘出来的那些有用的DNA会被打开、暴露在外面,然后被血液里面的各种因子给剪碎;所以当我们在做NIPT的时候,检测到的都是那些内卷咸鱼DNA,出头鸟DNA是木有的。

由此拓展出来,划重点:只要看看NIPT结果里面哪些基因没有了或者减少了,就可以知道胎盘这次又开放了什么功能。比如:

我们发现胎盘额外开放了血管生长功能的基因,就可以推测胎盘有可能血供不足,胎儿容易发育不良、孕妇日后容易发作子痫;

如果额外开放了葡萄胎代谢相关的基因,那就得注意控制饮食了,不然容易妊娠糖尿病、巨大儿;

如果激活了免疫相关的功能基因,那有可能现在胎盘可能正在和细菌做斗争,赶紧上药帮助一把;诸如此类的。

反过来,哪些基因功能给关上了,也可能有额外的影响。下图中,有些基因表达升高了,绿线部分;有些下降了,红线部分。

以上理论推测在实际上也得到了证实。拿NIPT的数据做分析,对巨大儿(MA)、胎儿生长受限(FGR)、妊娠糖尿病(GDM)和先兆子痫(PE)这些导致母胎发病甚至死亡的疾病进行预测;准确度分别能达到80.3%、78.9%、72.1%和83.0%,老厉害了。(之前在杨学习、郭志伟、杨芳、侯红瑛、张志刚、吴英松等各位专家的指导下一起做的。)

胎儿相当于果实的话,胎盘就是树根;树根功能如果不好当然会显著影响果实的发育。NIPT3.0从理论和实践证明了NIPT可以用来提示胎盘功能的变化,对于孕产妇健康的监测和母胎疾病的预测、诊断、治疗效果监测打开了一扇大门。希望能够给广大做NIPT的同行们些启发,其他各种相关的疾病、功能、发育、包括肿瘤发生发展之类的,都可以从这条路去看看。

理论的发展对于技术和应用的帮助是最大的。普通无创有了新版理论附身,只是多看两眼数据,就立马能从只能用来筛查21三体、用途极窄、用量极小的筛查技术;摇身一变成长为用途广泛、所有孕妇都适用、孕期各阶段都有需求的母胎健康筛查版本了。希望有了这条路,能让无创回到他该有的位置上去,发挥更大的作用;不要再用到不合适的高风险孕妇身上了。

想要试试NIPT结果升级的,可以照着下面的文章的操作;不是随机测序的也可以自己倒腾定向高精度专门版,不难的,那些出头鸟基因都已经给标出来了,照葫芦画瓢就行。另外,如果能再抓到一些新的鸟,欢迎都能拿出来一起溜溜。

谢谢!

还有一些遗传学知识,可以

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